更多的日语教育机构，也就是常说的日本语学校或者大学的别科(大学预科)，可以代办《在留资格认定证明书》，这些学校对于学生要进行初审。这样的初审，不单是学习成绩方面的，还包括对学生的家庭环境、学历情况的审查。学生必须通过这些审查，才能得到《入学许可书》和学校代办申请手续的许可。
第二关，向法务省申请《在留资格认定证明书》。这是最难过的一关，除了需要准备《在留资格认定证明书》的申请书和入学许可书以外，还要提交毕业证明书等有关最终学历的证明文件，以及证明有经费支付能力的资料，还有户口证明文件。日本对家庭经济情况的审查，主要是依据银行出具的《存款证明书》和出资人所在单位出具的《收入证明书》。
申请的最后一关是到日本大使馆申请签证。当申请人收到《在留资格认定证明书》后，需要到居住地附近的日本大使馆或总领事馆申请签证。很多人以为，取得了《在留资格认定证明书》就一定可以取得签证，其实不然。已故日本驻上海总领事杉本信行曾在著作《大地的咆哮》中提到，日本驻上海总领馆要对申请签证的学生进行面试。一些学生虽然在资料中显示，已经学习了很长时间的日语，可在面试中却连简单的日语对话也不会。他们不会给这样的申请人签证。这三关审查严密，并且增加了重复性工作，延长了申请时间，常常使来不及办理入境手续的学生错过入学期。
