申请在留资格
所谓在留资格，就是将外国人在日本能够从事的活动、或外国人在日本能够暂时居住的身份和地位的种类鉴定。进大学、短期大学、高等专科学校、专修学校、短期大学或私立大学的日本语留学生别科学习的人被授予“留学”的在留资格，通常在留期间为1年或2年。
2009年之前，从语言学校考入大学或专科学校的时候，可以在日本国内将在留资格从“就学”变为“留学”。如保留本国的大学学籍来日本大学作一年或更短时间的交换留学，获大学录取时也可以以留学生身份获得“留学”在留资格。从语言学校进入大学深造，必须到最近的入国管理局将“就学”资格变更为“留学”资格。现在已经不分留学和就学签证了，统一合并为留学签证。
拒签的理由
申请签证有两种方法：1、如果没有取得“在留资格认定证明书”，可以在当地的使领馆申请，但申请资料在所在国和日本之间往返以及日本国内审查的过程需要一定时间。2、如果已经取得“在留资格认定证明书”，即申请人或代理人事先在日本国内的地方入国管理局取得了“在留资格认定证明书”以后，再在本国的使领馆申请签证，这样取得签证更加迅速。
有的申请人没有明确的学习目的，只是以留学为借口到日本打工，这样也很容易被签证官拒签。有的申请人没有充分的经费证明，使得签证官怀疑其在日本留学的经济能力，从而遭到拒签，赴日留学签证的资金证明(银行存款证明)没有存款时间长短的限制，但在申请“在留资格认定证明书”和申请签证时都要被参考。还有一些申请人的材料被 发现有错误或者不真实，也会遭到拒签。
避免“非法逗留”
凡是进入日本国内并在日本国内逗留的外国人，都受“出入国管理法”这一日本法律的管辖，对其居留期间的活动内容和手续办理有详细的规定。如果作为留学生即使学习和日常生活都进展顺利，但如果由于疏忽没有及时办理出入国管理法规定的手续或违反了规定的话，则很有可能无法再继续留学，因此必须引起充分的注意。
办理一次申请可获得的在留期间，“留学”资格为2年或1年;“就学”资格为1年或6个月。因此，在留期间到期后仍希望继续逗留时，必须办理在留期间的延长或在留资格的变更手续。
如果因没有办理在留期间的延长或在留资格的变更手续而导致过期的话，将被视为“非法逗留者”。在留期间的延长可以在到期的2个月前开始申请，所以应尽早办理申请手续。
要掌握好自己的在留资格、在留期间和办理手续的方法。若没有因病等不得已的理由缺出席率不好的话，将被视为不专心学习，致使在留期间的延长和在留资格的变更遭到拒签。即使有理由，但若没有证明的材料也有可能被拒签。一旦被拒签，则很难挽回。因此学生在准备和递交申请材料时很关键，一定要认真严格的按照学校和签证要求准备材料。