拒签理由细大致归纳为三种：一、虚假材料，二、学习能力及意愿不足，三、经费担保问题。
一、虚假材料
所谓虚假材料，简单的说就是申请材料不是真实的，比如毕业证作假，再比如成绩单作假。这种情况也是在各国申请留学中非常忌讳的。一旦被发现再申请很困难。但是入国管理局界定虚假材料不仅仅局限于此。一些不符合逻辑的履历也会被认为虚假。举个例子。有个学生他曾自己DIY失败被拒签过两次。原因是他小学是5年制的，后来又转学到3年制的高中，而且是5周岁上学。这导致他16岁就高中毕业。而正常情况下高中生应该是在18岁或19岁毕业的。入国管理局就认为他的履历不真实，导致拒签。这位同学非常执着，又用相同的材料再次申请，结果还是相同的原因被拒签。像这种情况是要开具有力的相关证明来证明材料的真实性的，再次申请过程中要仔细分析拒签理由，增加文件辅助说明。缺乏逻辑的申请文件无论提交多少次，都会被拒签的。
二、语言能力与学习意愿
入国管理局要求学生在申请时就要有初级的语言能力，只要通过最基础的考试就能通过申请。再举个例子，曾经有名同学第一次申请是在一家中介办理的，时间比较远，那时的申请学生需要提交一份日语试卷，中介为这位同学填写了试卷，卷面成绩满分，审核中期入管局电话调查，日语水平与卷面分数不符，结果也是拒签。建议大家在申请中提供自己的真实情况，过分的包装是要出问题的。语言这一关是要同学们通过自己的努力来过的，考试并不难，通过一至两个月的专业系统的培训，谁都能通过。只是有的同学学习方法不对或者是自觉性差些，自学考试有些困难，建议报名参加培训班，有个集体学习的环境后会事半功倍。
三、经费支付的问题
比如说开具收入证明这一项。要保证收入证明的真实性合理性。有的学生家长年薪30万。纳税额只有200块。这是明显不符合逻辑的。势必要被调查或拒签。或者提供假的存款证明，存折等。这种情况只要拨个电话就能鉴别真伪。
每年都有一些DIY失败或者是不专业机构指导失误的案例。
这种情况如果想推翻入国管理局的原判要准备大量充分的补充材料。所以第一次申请非常重要，日本留学申请不同于欧美国家。欧美国家最后与面签官见面，对申请材料有解释的机会。而日本是用材料换签，没有面见审核官的机会。所以申请材料决定一切。审核官面对巨大量申请材料不会过多的分析材料当中的复杂联系。需要申请学生把其中的原委用最简洁的方式展现在审核官眼前。