日本留学，自1991年6月起，凡留学生和访问学者一般均要向日本法务省申请“在留资格认定证明书”。目前，除少量日本国费生和三个月的短期学术访问、研修、交流人员不必办理“在留资格”外，一般均须申请“在留资格”。
“在留资格申请”大都采用委托代理人申请的办法，即委托在日代理人代为联系申请学校和“在留资格”。当校方同意接收人学申请人并签发“入学许可证”后，在日代理人可向报考学校所在地的入境管理局申请“在留资格认定证明书”。
“在留资格”通常为一年，但对于申请进入日语学校学习的留学生，给予“就学”的“在留资格”，在留期限通常为半年。
当学习期满被大学或其他高等教育机构录取后，“在留资格”可由“就学”改“留学”。
二，留学签证与就学签证区别
语言学校中有赋予留学资格的学校，也有赋予就学资格的学校。要进的学校不同，签证上的资格也有所不同。根据留学学校课程的不同，发给留学生的签证种类也不同。日语学校多数都是就学签证，一部分日语学校及大学别科、本科、短期大学、专修学校、研究生院都是留学签证。“研究生”根据专业的不同分为留学签证和就学签证两种。2002年前，留学签证和就学签证待遇相差很大，当时留学签证有一项特殊待遇，每月可以领取1万日元的补助金。但2003年开始在10万留学生的目标达成之后，这项制度被取消，留学签证和就学签证的区别就渐渐不大了，具体表现为：
1、日本留学签证可以买到所有路线上的学生月票，而就学生只能买到东京都营铁路等几条线路上的学生月票。
2、学习期内，留学签证需要短期回国的话不用学校出什么证明，就学生需要学校出示证明才能回国。
3、打工方面，留学签证的资格外活动许可是一周28个小时，就学签证的资格外活动许可一周是20小时。
4、留学签证方面，留学签证有2年也有1年的，语言学校大都为1年。
5、理论上留学签证可以休学，就学签证没有休学这一说。
就学资格:语言学校/各类学校(在留期间为6个月—1年)
留学资格:语言学校/大学/大学院/专修学校(在留期间为1年—2年)
在留资格与期间依学校设置的课程种类不同而相异。也并不见得办留学资格的学校就是相对好的学校。各校有各校的特色。
就学签证原则上是1年期限。只给6个月在留期间的学校不是刚刚新认定的，就是受入国管理局监督的学校(因其不法滞在的学生超过定员的5%)。