虽然目前来说，澳洲政府向中国开放电子签证大大提高了中国学生的签证申请效率，但同时澳洲方面由于种种原因(如中国申请人中递交虚假材料、学生签证到期后逾期逗留或转申请保护签证、学习期间被取消学生签证的比例相对较高)，在施行电子签证方面依然十分谨慎，主要有以下几方面的限制：
1.不直接对申请人个人开放，而是挑选部分经验丰富、在移民局有良好记录的澳洲和中国中介机构作为代办点;
2.在申请人获得签证后，所有申请材料必须由代办中介保留一年，如果被抽查的学生有问题，学生将被取消签证，该中介机构也会受到相关处罚，甚至被取消电子签证资格;
3.在电子签证审理过程中，移民局会采用“定向调查”和“随机抽查”的方法，来确保这些中介递交的学生申请真实可靠。
4.三类人不能使用电子签证：
有一些学生签证的申请人是不能使用网上电子签证方式的。比如申请到国际学生研究类奖学金的学生、18岁以下学生的监护人、正在其他国家常驻留学的中国学生等，他们都必须通过传统的书面形式递交签证申请。
