办理日本留学签证主要要注意三点：
一是经费保证
去日本留学签证的资金证明，主要指银行存款证明，是没有存款时间长短的限制，但在申请“在留资格认定证明书”和申请签证时都要被参考。如果发现学生出具的存款证明系伪造，肯定会拒签。有的申请人没有充分的经费证明，使得签证官怀疑其在日本留学的经济能力，也会拒签。使馆还要对申请人出具的双亲在职证明进行确认和核实。因此，专家建议广大学生在申请时一定要保证其材料的真实性。
二是语言能力
签证官会用日语问申请人一些关于日本文化、学习方面的基本问题，有的申请人连基本的日语日常会话也不能应付，就很难使签证官相信他有能力在日本进行学习。因为，专家建议广大申请日本留学的学生，要在申请前，学一些日语方面的基本知识。
三是留学动机
申请人需要阐述自身留学动机，一定要做到合情合理。所以希望赴日本留学的学生并不需要为“按手印”的新政策过于担心。