其实在留资格和签证是单独的个体，在留资格根据申请人的资格分为了27种，在留资格申请合格后将会得到日本外务省颁发的《在留资格认定证明书》，通过此证明换取签证。
另外，日本签证的申请具体有两种方法。
在留资格认定证明书交付申请(最常用)
签证事前协议制度(不推荐)
在留资格认定证明书交付申请
大多数来日本的人都是通过此方法进行的签证申请。不论是通过学校还是中介，这种方法最简单与快速
具体流程
从国内交付在留资格认定证明书申请请求(交付在日代理人)
在代理人将申请交付日本地方入国管理局
日本地方入国管理局立证
日本地方管理局进行审查
交付给在日代理人在留资格认定证明书
在日代理人将证明书邮送回国内
将在留资格证明书交付给国内的当地驻中国日本大使馆，进行签证申请
驻中国日本大使馆，交付发给签证
(此时就可乘飞机去日本了)进入日本国境进行如果申请
入国申请审查
只在进入日本国境时(一般是机场)，进行的入境审查。
审查内容包括
护照·签证的有效性
对于已经持有在留资格认定证明书的入境者，省略在留资格审查
在留资格与期限决定可否入境
申请时间等
东京入国管理局，申请在留资格认定证明书时，花费了不到3个星期。在官方相关网站上也写到，申请时间大约3个星期。
国内的申请人在收到在留资格外认定证明书时，需要在4个星期内立即去当地的驻中国大使馆，进行签证申请。如果超过4个星期后进行申请，有可能会被怀疑证件的真实性，也许会要求增加其他证明资料。※大家一定要注意
其他：在申请[日本人配偶资格]在留资格认定证明书时大概需要花费3到4个星期的时间
签证事前协议制度
此种签证申请方法属于特例申请，并且审查方式相当的繁琐，花费的时间相当长(3个月以上属于正常)。所以在没有特别的理由下，不建议进行此种签证的申请方式。
主要过程，申请人去驻中国日本大使馆进行申请，驻中国日本大使馆再将申请内容提交本国的外务省，之后他们进行繁琐的审查(包括要求在日关系人的证明申请等)，最后发放签证
申请人在进入日本境内，进行日本如经审查时，因为不是通过在留资格认定证明书申请方式，不具备在留资格认定证明书。在入境审查时将进行在留资格审查(相当花费时间)
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希望通过上述介绍，帮助你更了解申请日本签证的流程。